スプラウト類に使用する水について、水質検査、給水設備の保守管理、異物混入防止対策、微生物汚染防止対策を実施。
スプラウト類の栽培中には、大量の水を、様々な工程で使用します。
そのため、使用する水が病原性微生物等に汚染されていると栽培されたスプラウト類が汚染される可能性があります。
スプラウト類への病原性微生物の付着、残存、増殖を防ぐため、使用する水は飲用に適するレベルであることが必要です。
井戸水など、水道水以外を使用する場合は、水質検査を実施し、大腸菌が不検出かつ一般生菌数が 100 CFU/ml未満であることを確認します。
スプラウト類の培地、栽培容器の安全性の確認と適切な管理。
スプラウト類の汚染を防ぐためには、スプラウト類の原料種子の消毒だけでなく、栽培に使用する培地、栽培容器などの資材の衛生的な管理が必要です。
具体的な取組として、培地の原料の安全性（重金属、放射性物質、病原性微生物、溶出物質等）、容器の素材の安全性の確認、受け入れた培地、容器の衛生的な保管（保管場所の清掃、消毒、作業者の手洗い、保管場所への土足立入禁止等）も徹底します。
スプラウト類の農産物取扱工程における衛生管理の実施（管理体制の整備、作業者の健康・衛生管理を含む）。
スプラウト類の栽培に適した温度・湿度は微生物の増殖にも適しているため、万一、栽培中のスプラウトに病原性微生物が付着すると、生産工程中で増えてしまう可能性があります。
したがって、スプラウト類については、一般の青果物と生産工程が異なるため、「スプラウト生産における衛生管理指針」や「もやし生産における衛生管理指針」に基づく、衛生管理が必要となります。
食品安全（未熟堆肥との接触による交差汚染防止、農産物への接触防止等）、環境保全（環境への流出防止等）、労働安全（崩落・落下、発熱・発火・爆発防止等）に配慮した肥料等の保管、在庫管理の実施。
肥料等（葉面散布剤、堆肥、土壌改良材、微生物資材等も含む）を適切に保管しないと、肥料の固化、劣化が進み、包装が傷んで漏洩する、崩れやすくなる等のリスクが高まります。
その結果、農産物や環境を汚染する危険性が高まるとともに、作業者の安全性にも影響があります。
環境面では、肥料が漏れれば窒素等による水源汚染などの悪影響が生じます。
肥料等の使用記録の作成・保存。
肥料の使用状況は、作物の生育状況と比較することにより次作の施肥設計の参考とすることができます。
農産物の品質に問題（生育不良等から生じる、とろけ、腐り、硬化や着花・着果不足等）が生じた際には、使用記録を確認することにより原因追及の一助とすることができます。
土壌診断の結果を踏まえた肥料の適正な施用や、都道府県の施肥基準や JA の栽培暦等で示している施肥量、施肥方法等に則した施肥計画を立て、計画に基づく施肥の実施。
農産物は、施用された肥料成分の全ては利用できないため、肥料成分の一部が環境中に溶脱、流亡又は揮散します。
このため、過剰な肥料成分量を投入すると、環境汚染（地下水汚染、塩類集積、一酸化二窒素発生等）のリスクが高まります。
一方、肥料成分の不足により生育不良が発生するリスクもあります。
原材料・製造工程の把握による肥料等の安全性、成分の確認と食品安全、環境保全に配慮した肥料等の利用計画の策定。
肥料等（土壌改良の目的でほ場に投入する資材、客土等を含む）の成分の含有量や放射性物質の汚染の状況等が不明のまま使用すると、農産物や環境の汚染、農産物の生育障害につながる可能性があります。
このため、まずは使用する肥料等の成分の含有量等を把握した上で、適切な施肥を行うために施肥設計を行います。
また、肥料等の安全性については、放射性物質に関して「放射性セシウムの含有量が低く、当面、検査の必要性が低い肥料」の表が公表されています。
堆肥製造に関し、適切な期間・温度の発酵維持による雑草種子、有害微生物の殺滅対策等の実施及び適正な堆肥の施用。
発酵が不十分な堆肥には、病原微生物や雑草種子が残存している可能性があります。
そのまま使用すると、農作物の生育障害などの被害や病原性微生物による汚染、有毒植物の種子の混入など、食品安全上の問題が発生するリスクが高まります。
原料の家畜糞や製造途中の堆肥と、完成した堆肥との接触があれば、完成した堆肥の病原性微生物の汚染リスクも高まりますので、しっかり区分します。
農薬の責任者による農薬適正使用の指示と検証。
農薬取締法において、農薬使用者は、農薬の使用に当たっては、農薬の安全かつ適正な使用に関する知識と理解を深めるように努めることが求められています。しかしながら、十分な知識を持たない作業者により調製の順番や希釈倍数を間違った散布が行われる可能性もあります。
こうした事故を防ぐため、農薬に関する責任者を決め、その責任者が防除を一元的に管理、指示する体制を整え、農薬散布の重複や散布漏れ、間違った農薬の散布などを防ぎます。
食品安全（容器移し替え禁止、いたずら防止の施錠等）、環境保全（流出防止対策等）、労働安全（毒劇・危険物表示、通気性の確保等）に配慮した農薬の保管、在庫管理の実施。
農場では、第三者が農薬を持ち出し、悪用することを防がなければなりません。さらに、作業者が保管庫から間違った農薬を取り出して使用することがないよう、誤使用を防ぐことも必要です。
そのため、強固で、十分な大きさの農薬保管庫を用意し、鍵をかけ、識別・分別して保管します。